En 2026, un agent public en arrêt maladie perd un jour de rémunération, le premier de chaque arrêt : c'est le jour de carence, soit une retenue de 1/30e de la rémunération du mois. Le projet de porter ce délai à trois jours, débattu lors du budget 2025, n'a pas été voté. Ce qui a changé en revanche, depuis le 1er mars 2025 : le traitement n'est plus maintenu à 100 % mais à 90 % pendant les trois premiers mois de congé de maladie ordinaire. Un arrêt d'une semaine coûte donc désormais un jour entier plus 10 % des six autres.
La règle 2026 : 1 jour de carence par arrêt, pour tous les agents publics
Rétabli par l'article 115 de la loi de finances pour 2018 après une première application en 2012-2013, le jour de carence s'applique depuis le 1er janvier 2018 à chaque congé de maladie ordinaire dans les trois versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), aux contractuels de droit public, aux militaires et aux magistrats. Il s'agit d'un jour non rémunéré, mais qui compte comme un jour de congé de maladie pour le décompte des droits : sur un arrêt de sept jours, l'agent est payé six jours à 90 % et le compteur des 90 jours à 90 % est amputé de sept jours.
Les salariés du privé, eux, subissent trois jours de carence sur les indemnités de la Sécurité sociale, souvent compensés par leur convention collective ; le détail (carence, IJSS, maintien de salaire, subrogation) figure sur la page du simulateur d'indemnités journalières maladie.
Comment se calcule la retenue ?
Retenue = (traitement indiciaire brut + NBI + primes et indemnités mensuelles) ÷ 30
La retenue porte sur le traitement, la nouvelle bonification indiciaire et les primes et indemnités du mois ; le supplément familial de traitement et l'indemnité de résidence ne sont pas concernés. Elle est opérée sur la paie du mois de l'arrêt ou, si l'arrêt parvient tard au service paie, sur celle du mois suivant, sur une ligne intitulée « jour de carence » ou « retenue 1/30e ». Comme les cotisations sont calculées sur la rémunération réduite, la perte nette est un peu inférieure à 1/30e du net habituel.
| Profil | Rémunération brute mensuelle soumise à retenue | Retenue brute du jour de carence |
|---|---|---|
| Adjoint administratif, 1 900 € brut + 150 € de primes | 2 050 € | 68,33 € |
| Professeur des écoles, 2 400 € brut + 200 € d'indemnités | 2 600 € | 86,67 € |
| Infirmier hospitalier, 2 300 € brut + 500 € de primes et sujétions | 2 800 € | 93,33 € |
| Attaché territorial, 3 000 € brut + 600 € de RIFSEEP | 3 600 € | 120,00 € |
Ces montants sont bruts : pour passer au net, utilisez notre simulateur de salaire net dans la fonction publique, qui applique les cotisations propres aux fonctionnaires (pension civile ou CNRACL, RAFP, CSG-CRDS).
Après le jour de carence : 90 % pendant 3 mois, puis 50 %
Le congé de maladie ordinaire peut durer un an au maximum sur une période de douze mois consécutifs. Depuis le 1er mars 2025, la rémunération est la suivante (service-public.fr, fiche vérifiée le 1er septembre 2026) :
| Élément de rémunération | 3 premiers mois (90 jours) | 9 mois suivants |
|---|---|---|
| Traitement indiciaire | 90 % | 50 % |
| Indemnité de résidence | 100 % | 100 % |
| Supplément familial de traitement | 100 % | 100 % |
| Nouvelle bonification indiciaire | 90 % | 50 % |
| Primes et indemnités (RIFSEEP, IFSE…) | 90 % | 50 % |
Les 90 jours à 90 % s'apprécient sur une période glissante de douze mois : un agent déjà arrêté 60 jours dans l'année écoulée ne bénéficie plus que de 30 jours à 90 % avant de passer à 50 %. Le jour de carence est décompté dans ces 90 jours. Une garantie prévoyance facultative (mutuelles de la fonction publique) peut compléter la perte à partir du passage à 50 %.
Exemple. Professeur des écoles à 2 600 € brut mensuels (traitement + indemnités), arrêt de 10 jours du 1er au 10 mars : jour de carence 86,67 €, puis 9 jours à 90 % soit 9 × 86,67 × 10 % = 78 € de perte supplémentaire. Perte brute totale : environ 165 €, soit 6,3 % du mois, contre 87 € avant mars 2025.
Les cas où le jour de carence ne s'applique pas
- Prolongation ou rechute sans reprise de plus de 48 heures entre deux arrêts pour la même affection : le second arrêt est traité comme la suite du premier (cases « prolongation » cochée par le médecin, reprise interrompue au bout d'un ou deux jours, impossibilité de consulter un week-end ou un jour férié).
- Congé de longue maladie, de longue durée ou de grave maladie (contractuels), qui ne sont pas des congés de maladie ordinaire.
- Accident de service ou maladie professionnelle (congé pour invalidité temporaire imputable au service, CITIS).
- Congés liés à la grossesse et à la maternité, y compris les arrêts pour état pathologique résultant de la grossesse.
- Temps partiel thérapeutique : la reprise progressive à 50, 60, 70, 80 ou 90 % n'est pas un congé de maladie et n'entraîne donc aucune retenue de carence ; sa rémunération et sa durée sont décrites dans l'article sur le mi-temps thérapeutique.
- Affection de longue durée : un seul jour de carence est retenu pour l'ensemble des arrêts liés à la même ALD sur une période de trois ans.
Un arrêt pour enfant malade relève des autorisations d'absence, pas du congé de maladie : aucun jour de carence.
Trois jours de carence dans la fonction publique : où en est-on ?
Le projet de loi de finances pour 2025 prévoyait d'aligner la fonction publique sur le privé avec trois jours de carence et un traitement ramené à 90 %. Seule la seconde mesure a été retenue : le passage à 90 % est entré en vigueur le 1er mars 2025, le nombre de jours de carence est resté fixé à un. Aucune disposition de la loi de finances pour 2026 n'a modifié ce point ; la fiche service-public.fr sur le congé de maladie ordinaire, vérifiée le 1er septembre 2026, confirme « un jour de carence non rémunéré » par arrêt.
Erreurs fréquentes sur la paie
- Deux retenues pour une prolongation : vérifiez que le second arrêt porte la mention « prolongation » et que la reprise n'a pas dépassé 48 heures ; sinon, réclamez au service des ressources humaines.
- Retenue sur le SFT ou l'indemnité de résidence : ces deux éléments sont maintenus intégralement.
- Retenue calculée sur 1/22e (jours ouvrés) au lieu de 1/30e : la règle du trentième indivisible s'applique aux agents publics.
- Arrêt transmis hors délai : l'agent doit transmettre l'arrêt sous 48 heures ; un retard répété peut entraîner une réduction de moitié de la rémunération en plus du jour de carence.
Questions fréquentes
Y a-t-il 3 jours de carence dans la fonction publique en 2026 ?
Non. Un seul jour de carence s'applique à chaque congé de maladie ordinaire. Le passage à trois jours proposé dans le budget 2025 n'a pas été adopté.
Combien perd-on avec le jour de carence ?
1/30e de la rémunération brute mensuelle hors supplément familial et indemnité de résidence, soit environ 87 € brut pour 2 600 € de traitement et indemnités. S'y ajoute, depuis mars 2025, la réduction de 10 % sur les autres jours d'arrêt.
Le jour de carence s'applique-t-il aux contractuels ?
Oui, aux contractuels de droit public des trois versants, comme aux fonctionnaires titulaires et stagiaires. Les rares agents de droit privé employés par une administration relèvent des règles du privé (trois jours de carence Sécurité sociale).
Une prolongation d'arrêt déclenche-t-elle un nouveau jour de carence ?
Non, si aucune reprise de plus de 48 heures n'a eu lieu entre les deux arrêts pour la même affection. Une reprise plus longue suivie d'un nouvel arrêt, même pour la même maladie, déclenche un nouveau jour de carence.
Le jour de carence compte-t-il pour la retraite ?
Oui. L'agent reste en position d'activité, le jour est décompté comme un jour de congé de maladie et les droits à pension ne sont pas affectés par cette seule journée.
Le jour de carence existe-t-il pour les arrêts liés à la grossesse ?
Non. Les congés de maternité et les arrêts liés à un état pathologique de grossesse en sont exclus depuis 2019.
Sources officielles
- service-public.gouv.fr : Congé de maladie ordinaire (CMO) du fonctionnaire, vérifié le 1er septembre 2026 (jour de carence, 90 % puis 50 %, éléments de rémunération).
- Loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018, article 115 (rétablissement du jour de carence) ; loi n° 2019-828 du 6 août 2019, article 84 (exclusion des congés liés à la grossesse).
- Code général de la fonction publique, articles L822-1 à L822-5 (congés de maladie) ; décret n° 86-442 du 14 mars 1986, articles 24 à 27 ; décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 (fonction publique territoriale).