Jour de carence fonction publique 2026 : 1 jour non payé — règles

1. La règle 2026 : 1 jour de carence pour toute la fonction publique

Depuis le 1^er janvier 2018, tout agent public placé en arrêt maladie ordinaire subit une journée de carence non rémunéréeau début de son arrêt. Cette règle, prévue par l'article 115 de la loi de finances pour 2018^[1], s'applique de manière identique aux trois versants de la fonction publique :

• Fonction publique d'État (FPE) — ministères, services déconcentrés, enseignants, magistrats, police, douane.
• Fonction publique hospitalière (FPH) — agents des établissements publics de santé, médico-sociaux, EHPAD publics.
• Fonction publique territoriale (FPT) — agents communaux, départementaux, régionaux, intercommunaux.

Sont également concernés les agents contractuels de droit public(vacataires, contractuels en CDD ou CDI public) ainsi que les militaires. À l'inverse, les agents contractuels relevant du droit privé (cas marginal) restent soumis au régime du privé, soit 3 jours de carence.

À retenir :1 seul jour de carence pour les fonctionnaires, contre 3 jours dans le secteur privé. Cette différence est compensée par l'absence de complément conventionnel possible et par la nature du traitement public, maintenu intégralement au-delà du 1^er jour.

2. Historique : suppression en 2014, rétablissement en 2018

Le jour de carence pour les fonctionnaires a connu une trajectoire politique mouvementée. Instauré une première fois par la loi de finances pour 2012 (gouvernement Fillon), il a été supprimé en 2014sous le gouvernement Ayrault au motif d'une rupture d'égalité jugée disproportionnée et d'un faible impact réel sur l'absentéisme.

Il a ensuite été rétabli au 1^er janvier 2018par l'article 115 de la loi de finances pour 2018, sous le quinquennat Macron, dans une logique d'équité avec le secteur privé et de maîtrise des dépenses publiques. Le Conseil constitutionnel a validé la mesure par sa décision n° 2017-758 DC du 28 décembre 2017^[2], considérant qu'elle ne portait pas atteinte au principe d'égalité.

La règle est aujourd'hui codifiée à l'article L822-3 du Code général de la fonction publique, applicable depuis le 1^er mars 2022 (entrée en vigueur du code).

3. Comment se calcule la retenue ?

La retenue correspond à 1/30^e de la rémunération mensuelle nettede l'agent. Sont prises en compte :

• Le traitement indiciaire brut du grade et de l'échelon.
• La nouvelle bonification indiciaire (NBI), si l'agent en bénéficie.
• L'indemnité de résidence(zones 1, 2 ou 3 selon la commune d'affectation).
• Le supplément familial de traitement (SFT) pour les agents avec enfants à charge.
• Les primes et indemnités mensuelles (RIFSEEP, IFSE, CIA, prime de service…).

Retenue = (Traitement brut mensuel + primes mensuelles − cotisations salariales) / 30

La retenue est opérée sur le bulletin de paie du mois d'arrêt(ou du mois suivant si l'information parvient trop tard au service paie). Elle apparaît généralement sous l'intitulé « jour de carence » ou « absence rémunérée » avec une ligne négative.

4. Trois exemples chiffrés : FPE, FPH, FPT

Exemple 1 — Enseignante FPE à 2 200 € net

Sophie, professeure des écoles à l'échelon 6, perçoit 2 200 € net mensuels. Elle pose un arrêt maladie d'une semaine pour grippe. Le 1^erjour n'est pas rémunéré : retenue = 2 200 / 30 ≈ 73,33 €. Les 6 jours suivants sont payés intégralement (plein traitement). Perte nette : environ 73 €.

Exemple 2 — Infirmière FPH à 2 400 € net

Karim, infirmier en CHU avec primes de nuit, perçoit 2 400 € net par mois. Arrêt de 3 jours pour gastro-entérite. 1^erjour de carence : retenue = 2 400 / 30 = 80 €. Les 2 jours suivants : plein traitement maintenu. Perte sèche : 80 €. À noter : la prime de service des hospitaliers peut être réduite si l'agent dépasse un seuil annuel d'arrêts (règle propre aux établissements).

Exemple 3 — Adjoint technique FPT à 2 000 € net

Nadia, adjointe technique territoriale dans une commune, 2 000 € net mensuels. Arrêt de 10 jours. 1^er jour de carence : retenue = 2 000 / 30 ≈ 66,67 €. Les 9 jours suivants sont payés intégralement. Perte nette : ~ 67 €. Si la collectivité avait instauré avant 2018 un dispositif de compensation, il aurait été supprimé par la circulaire du 15 février 2018, qui interdit toute prise en charge directe du jour de carence par l'employeur public.

5. Les 6 exceptions où le jour de carence ne s'applique pas

Le législateur a prévu plusieurs cas dans lesquels la retenue du 1^erjour ne s'applique pas. Ces exceptions figurent explicitement à l'article L822-3 du Code général de la fonction publique^[3] et dans la circulaire d'application :

• Affection de longue durée (ALD) reconnue par le médecin-conseil : le 1^erarrêt en lien avec l'ALD déclenche la carence, mais les arrêts ultérieurs liés à la même ALD en sont dispensés pendant 3 ans.
• Accident de service ou accident du travail (équivalent fonction publique de l'accident du travail du privé) reconnu par l'employeur ou la commission de réforme.
• Maladie professionnelle reconnue (tableaux de maladies professionnelles ou décision de la commission de réforme).
• Congé de maternité, paternité, accueil de l'enfant ou adoption — pas de jour de carence sur ces congés spécifiques.
• Cure thermaleprescrite et prise en charge au titre d'une affection chronique.
• Prolongation d'arrêt sans interruption (le second avis d'arrêt est délivré dans les 48 heures suivant la fin du précédent). Un seul jour de carence s'applique par épisode maladie, pas par avis successif.

6. Tableau récapitulatif : règle, exceptions, retenue

7. Articulation avec le congé maladie ordinaire (CMO)

Au-delà du jour de carence, le fonctionnaire bénéficie d'un régime particulièrement protecteur, sans équivalent direct dans le privé. Le congé maladie ordinaire (CMO) prévu par l'article L822-2 du Code général de la fonction publique ouvre droit à :

• Plein traitement pendant 3 mois sur une période de référence glissante de 12 mois.
• Demi-traitement pendant les 9 mois suivants (soit jusqu'à 1 an au total).
• Au-delà, basculement vers un congé longue maladie (CLM) ou un congé longue durée (CLD) selon la pathologie, avec maintien partiel ou total du traitement pendant plusieurs années.

Le jour de carence n'intervient qu'à l'ouverture d'un nouvel épisode d'arrêt maladie ordinaire. Une fois positionné en CLM ou en CLD, l'agent n'est plus soumis à la retenue du 1^er jour pour les arrêts liés à la pathologie concernée.

À noter :le maintien du plein traitement rend le coût net du jour de carence relativement limité pour l'agent. C'est l'une des raisons pour lesquelles le législateur a maintenu une seule journée plutôt que les trois jours du privé.

8. Cas des contractuels de droit public

Les agents contractuels relevant du droit public (CDD ou CDI public, vacataires) sont soumis au jour de carence dans les mêmes conditions que les fonctionnaires titulaires^[4]. La règle figure expressément dans le décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 (FPE), le décret n° 88-145 du 15 février 1988 (FPT) et le décret n° 91-155 du 6 février 1991 (FPH).

En revanche, leur indemnisation au-delà du 1^erjour dépend de leur ancienneté : pas de versement pour les premiers mois d'ancienneté, puis indemnité égale au plein traitement pendant 1 à 3 mois selon le contrat, suivie d'un demi- traitement.

9. Cas particulier : prolongation d'arrêt et 48 heures

La règle des 48 heures est essentielle pour bien comprendre quand un nouvel arrêt déclenche une nouvelle carence. Pour qu'un avis de prolongation soit considéré comme la suite d'un arrêt initial :

• Le nouvel avis doit être délivré dans les 48 heures qui suivent la fin du précédent arrêt.
• Il doit concerner la même pathologie ou un motif médicalement lié.
• Aucune reprise effective du travail ne doit avoir eu lieu entre les deux.

Si ces conditions sont remplies, la carence n'est appliquée qu'une seule fois au début de l'épisode. À l'inverse, si l'agent reprend une journée puis pose un nouvel arrêt, un nouveau jour de carence est dû même si le motif médical est identique.

10. FAQ : 5 questions fréquentes

Le jour de carence s'applique-t-il en cas de COVID-19 ?

Ouien 2026. Pendant la crise sanitaire (2020-2022), un régime dérogatoire avait été mis en place pour suspendre la carence en cas d'arrêt lié à la COVID-19. Ce dispositif a pris fin et un arrêt pour COVID-19 ordinaire est aujourd'hui traité comme tout autre arrêt maladie. Seules les formes graves reconnues comme ALD ou comme maladie professionnelle (pour les soignants exposés) ouvrent droit à l'exonération.

Un employeur public peut-il compenser le jour de carence ?

Non. La circulaire d'application du 15 février 2018 interdit expressément aux employeurs publics (ministères, collectivités, hôpitaux) de prendre en charge financièrement le jour de carence. Toute prime, indemnité ou subvention spécifique visant à neutraliser la retenue est irrégulière et peut être annulée par le contrôle de légalité du préfet.

Comment l'arrêt doit-il être transmis à l'employeur ?

L'agent doit transmettre les volets 2 et 3 du formulaire d'arrêt de travail à son employeur dans un délai de 48 heuresà compter du premier jour d'arrêt. Un envoi tardif peut entraîner une retenue supplémentaire pour défaut de justification, indépendamment du jour de carence. Le volet 1 reste destiné à la CPAM uniquement si l'agent est en CMO de longue durée et perçoit des IJSS (rare).

La retenue concerne-t-elle aussi les primes et le SFT ?

Oui. La retenue d'1/30^eporte sur la rémunération mensuelle dans sa totalité : traitement indiciaire, NBI, indemnité de résidence, SFT et primes mensuelles (RIFSEEP, IFSE, prime de service…). Seules les indemnités à caractère ponctuel non versées le mois d'arrêt échappent mécaniquement à la retenue.

La règle change-t-elle en 2026 ou est-elle annoncée à 3 jours ?

En 2026, la règle reste fixée à 1 jour de carence pour la fonction publique. Des projets visant à aligner la fonction publique sur les 3 jours du privé ont été débattus régulièrement depuis 2018, sans aboutir à ce jour. Toute évolution nécessiterait une nouvelle loi de finances. La réforme la plus récente (PLF 2025) a maintenu le jour unique.